Andre, повторы будут в любом случае. Уже хотя бы потому, что материалы постоянно перемещаются по страницам, так что при следующем скане сайта поисковик увидит те же самые материалы уже на других страницах. Это абсолютно нормальная ситуация, поисковики за это никого не пессимизируют. А вот отсутсвие "нормальных" ссылок и ухудшает позиции материалов в выдаче, и создает проблемы для людей.
В конце концов, те, кто не хочет, чтобы не-первые страницы на главной и в разделах не индексировались, могут легко сделать это путем добавления мета-тэга noindex в соответствующий шаблон, это дело меньше чем на полминуты. И это будет прямое, надежное и удобное для всех решение - в отличие от того варианта, что есть сейчас.